Можно ли подать ходатайство на УДО в Верховный суд?

Здравствуйте. Нет нельзя. Жалобу вернут. По правилам кассационного обжалования в жалобе нужно указывать все жалобы в ниже стоящие инстанции и прикладывать судебные решения по данным жалобам. Т.е. в кассационной жалобе в судебную коллегию по уголовным делам Верховного суда нужно указывать на постановление районного суда, апелляционное определение и постановление президиума субъектового суда (либо на  постановление судьи об отказе в передаче жалобы в президиум на рассмотрение). Так что сначала кассация в президиум субъекта, потом в Москву. 

Попутно в районный суд можно закинуть ходатайство о замене лишения свободы более мягким наказанием в порядке ст. 80 УК.